Ljudsko tijelo veliki je i složeni ekosustav u kojemu komenzali crijeva skladno međudjeluju s humanim tjelesnim stanicama omogućavajući normalno obavljanje bioloških procesa i funkciju organizma. Procjenjuje se kako ukupna mikroflora čovjeka čini 10 14 bakterijskih stanica, što je 10 puta više od ukupnog broja humanih tjelesnih i spolnih stanica zajedno. Pri tome, najveći i najsloženiji dio čine upravo komenzali crijeva odnosno crijevna mikroflora koja uključuje čak 10 12 stanica po jednom gramu izmeta. Mikrofloru probavnog sustava čovjeka sačinjava između 800 do preko 1000 bakterijskih vrsta, odnosno više od 7000 različitih sojeva, među kojima su najčešći pripadnici iz redova Firmicutes i Bacteriodetes, nakon čega slijede Proteobacteria, Verrumicrobia, Actinobacteria, Fusobacteria i Cyanobacteria. Ukupan genom svih bakterija probavnog sustava sadrži više od 5 milijuna gena, što je za dva reda veličine više od ukupnog broja čovjekovih gena. Ovaj veliki arsenal gena omogućava široki spektar različitih biokemijskih i metaboličkih aktivnosti, čime je metabolički kapacitet crijevne mikroflore jednak onome jetre. Nesumnjivo je da mikroflora probavnog sustava utječe na zdravlje čovjeka. Među glavne čimbenike koji utječu na stabilnost i raznolikost crijevne mikroflore spadaju prehrana, okoliš, genetika, životna dob, bolesti i antimikrobna terapija. Poremećaj ravnoteže crijevne mikroflore povezuje se s razvojem Chronove bolesti, ulceroznog kolitisa, upalne bolesti crijeva (sindrom iritabilnog crijeva), akutnom dijarejom te bolesti povezane s prisustvom Clostridium difficile. Probavni sustav čovjeka značajan je rezervoar gena rezistencije što može u budućnosti značajno pridonijeti daljnjem povećanju rezistencije na antibiotike kod humanih patogena. Učestalost pojave i raznolikost gena rezistencije razlikuju se među ljudskom populacijom, pri čemu je konjugacija najvažniji mehanizam horizontalnog prijenosa gena. Upravo zbog ubrzanog razvoja bakterijske rezistencije na antibiotike te povećanih troškova liječenja crijevnih infekcija antibioticima, u fokus interesa dolaze druge strategije prevencije i liječenja. Konzumiranjem hrane koja sadrži probiotike i prebiotike omogućava se modifikacija metaboličke aktivnosti crijevne mikroflore, što može pomoći u prevenciji razvoja bolesti kao i oporavku crijevne mikroflore nakon bolesti i antimikrobne terapije.