prikaz prve stranice dokumenta Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )
Rad dostupan nakon 2027-04-03
diplomski rad
Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )
2024. urn:nbn:hr:166:852531
Blajić, Ante
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet

Citirajte ovaj rad

Blajić, A. (2024). Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. ) (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

Blajić, Ante. "Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

Blajić, Ante. "Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

Blajić, A. (2024). 'Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 14.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

Blajić A. Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. ) [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2024 [pristupljeno 14.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

A. Blajić, "Optimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2024. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:852531
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovOptimizacija metoda ekstrakcije proteina za LC-MS/MS analizu: Preliminarna analiza proteoma biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )
Naslov (engleski)Optimization of protein extraction methods for LC-MS/MS analysis: Preliminary analysis of the proteome of the Croatian oak plant (Quercus virgiliana (Ten.) Ten. )
AutorAnte Blajić
MentorIvica Šamanić (mentor)
MentorStjepan Orhanović (komentor)
MentorMarija Nazlić (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
Član povjerenstvaStjepan Orhanović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Šamanić (član povjerenstva)
Član povjerenstvaMarija Nazlić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Split
Datum i država obrane2024-09-27, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
U ovome radu proveli smo analizu metoda ekstrakcije proteina za opisivanje proteoma lista i tkiva modificiranog hrastovom osicom biljke hrvatskog hrasta (drmun, Quercus virgiliana (Ten.) Ten.) pomoću LC-MS spektrometrije masa. Testirana su četiri različita protokola kako bi se odredila najučinkovitija metoda za ekstrakciju i izolaciju proteoma: SDC-FASP, ekstrakcija fenolom u kombinaciji sa SDC-FASP, taloženje TCA/acetonom praćeno ekstrakcijom fenolom i SDC-FASP, te taloženje TCA/acetonom u kombinaciji sa SDC-FASP. Cilj je bio utvrditi najučinkovitiju metodu za izolaciju i pročišćavanje proteina za pripremu uzoraka uz pomoć filtera (engl. filter-assisted sample preparation, FASP). Identifikacija proteina i posttranslacijske modifikacije (PTM) analizirane su korištenjem softvera ProteinPilot™ prema bazi podataka referentnog proteoma Quercus lobata. Iako su izmjereni niski prinosi proteina za sve protokole, taloženje TCA/acetonom praćeno ekstrakcijom fenolom i SDC-FASP dalo je najveći broj identificiranih proteina. Ukupni ionski kromatogrami (engl. total ion chromatograms, TIC) također su potvrdili niske signale peptidnih iona koji ukazuju na niske koncentracije proteina. Usporedna analiza uzoraka lista i tkiva modificiranog hrastovom osicom (engl. gall-wasp) pokazala je različite proteomske profile. Tkiva lista bila su bogata proteinima povezanim s fotosintezom, energetskim metabolizmom i odgovorima na stres, dok tkiva modificiranog hrastovom osicom sadrže proteine povezane s prikupljanjem hranjivih tvari, regulacijom razvoja i imunološkom modulacijom, odražavajući fiziološke učinke modificiranog tkiva na domaćina.
Sažetak (engleski)
In this study, we performed an analysis of protein extraction methods suitable for proteomic experiments of oak leaves and oak gall wasp-modified tissue from Quercus virgiliana using LC-MS-based mass spectrometry. Four extraction protocols were tested for optimal protein isolation: SDC-FASP, phenol extraction combined with SDC-FASP, TCA/acetone precipitation with phenol extraction and SDC-FASP, and a combination of TCA/acetone precipitation and SDC-FASP. The aim was to determine the most effective method for protein isolation and purification for filter-assisted sample preparation (FASP). Protein identification and post-translational modifications (PTMs) were analyzed using ProteinPilot™ with reference to the Quercus lobata proteome. While low protein yields were observed for all protocols, TCA/acetone precipitation followed by phenol extraction and SDC-FASP yielded the highest number of identified proteins. The total ion chromatograms (TIC) also confirmed the low peptide ion signals indicating low protein concentrations. Comparative analysis of leaf and gall wasp-modified tissues revealed different proteomic profiles. The leaf tissues were rich in proteins related to photosynthesis, energy metabolism and stress responses, while gall wasp-modified tissues had proteins related to nutrient acquisition, developmental regulation and immune modulation, reflecting the physiological effects of gall production on the host.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:852531
Studijski programNaziv: Biologija i kemija; smjerovi: Nastavnički
Smjer: Nastavnički
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a magistar/magistra edukacije biologije i kemije (univ. mag. educ. biol. et chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaRad dostupan nakon
Datum isteka embarga: 2027-04-03
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2024-10-24 12:32:01