Sve vrste nose u stanicama karakterističan broj kromosoma. Čovjek ima diploidni set autosoma i par spolnih kromosoma. Evolucijski predak spolnih kromosoma par je jednakih autosoma koji prolaze kroz različite evolucijske sile, koje ih postepeno oblikuju i čine genetski i strukturno različitima. Već u prvom koraku jedan od autosoma veže u svoju strukturu glavni gen determinacije spola, SRY gen. Taj kromosom postaje proto-Y, koji kroz vrijeme i dalje podlježe evolucijskim silama. Najvažniji mehanizam razvoja današnjeg Y kromosoma degeneracija je gena koji su se na njemu prvotno nalazili. Uspoređujući genski sadržaj prvobitnog Y-a s onim kakvog danas poznajemo vidljiva je činjenica kako je velika većina gena izgubljena. Time je Y ostavljen s vrlo malo funkcionalnih i aktivnih gena. Osim SRY-a kao jednog od tih gena, ostali geni su odgovorni za biološki važne funkcije poput plodnosti i spermatogeneze. Kako bi se očuvao integritet kromosoma, druga važna evolucijska sila inhibicija je rekombinacije. Rekombinacija je potisnuta na mali dio pseudoautosomalnih regija koje su komplementarne na X i Y kromosomu. Ipak pogreškom koja može nastati nepravilnom rekombinacijom nastaju anomalije u razvoju spola na jedinkama, što se očituje razlikom u genotipu i fenotipu organizma. Kako bi se neke od nastalih grešaka popravile ukoliko je to moguće razvija se mehanizam rekombinacije unutar samog Y kromosoma tzv. konverzija gena ili intrakromosomska rekombinacija. Obzirom da se na njemu nalaze specifično muški funkcionalni geni, bitan je prijenos isključivo muškom generacijom, uvijek s oca na sina. Iz svih provedenih analiza može se zaključiti kako je Y kromosom od autosoma do današnjeg oblika prošao kompleksni put evolucije, kroz koju je stekao svoju posebnost od ostatka genoma.