prikaz prve stranice dokumenta Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa
Pristup svim korisnicima iz sustava znanosti i visokog obrazovanja RH
diplomski rad
Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa
2022. urn:nbn:hr:166:157388
Budimir, Tina
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za biologiju

Citirajte ovaj rad

Budimir, T. (2022). Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa (Diplomski rad). Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

Budimir, Tina. "Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

Budimir, Tina. "Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa." Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

Budimir, T. (2022). 'Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa', Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 31.12.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

Budimir T. Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa [Diplomski rad]. Split: Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2022 [pristupljeno 31.12.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

T. Budimir, "Citogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa", Diplomski rad, Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Split, 2022. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:157388
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovCitogenomska analiza minisatelitne ponavljajuće sekvence Sat97 u rodu Allium, sekcije Cepa
Naslov (engleski)Cytogenomic analysis of a Sat97 minisatellite repeat sequence in the genus Allium, section Cepa
AutorTina Budimir
MentorIvica Šamanić (mentor)
Član povjerenstvaIvica Šamanić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaJasna Puizina (član povjerenstva)
Član povjerenstvaŽeljana Fredotović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Odjel za biologiju)
Split
Datum i država obrane2022-09-28, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Rekonstrukcija podrijetla i evolucije poliploidnih genoma od divljih srodnika vrlo je značajna u citogenetičkim istraživanjima. Satelitske sekvence DNA koje tvore dugačke nizove uzastopno ponavljajućih jedinica prisutne su u svim biljnim genomima, ali mogu varirati u nizu značajki, uključujući sastav nukleotida, brojnost i distribuciju u genomima. Stoga, satelitske DNA brzo divergiraju i često su specifične za vrstu ili rod. Rekonstrukcija jednog tipa satelitne porodice na temelju rezultata sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) u kombinaciji s bioinformatičkom platformom Repeat Explorer i algoritmom TAREAN, pridonijela je našem boljem razumijevanju složenog porijekla alotriploidnog luka Allium × cornutum. Primjena fluorescencijske hibridizacije in situ (FISH) pomoću fluorescentno obilježenih oligonukleotidnih sondi omogućuje odgovore na pitanja vezana uz strukturu, mutacije i evoluciju ne samo pojedinačnih kromosoma već i cijelih genoma. U ovom radu, koristeći podatke NGS sekvenciranja identificirali smo ponavljajuću satelitnu sekvencu veličine 97 bp (AceSat97) i mapirali njenu distribuciju na kromosomima alotriploidnog luka A. × cornutum i tri pretpostavljene roditeljske diploidne vrste Allium cepa, A. pskemense i A. roylei.
Sažetak (engleski)
Reconstructing the origin and evolution of polyploid genomes from wild relatives is very important for cytogenetic research. Satellite DNA sequences, which form long arrays of tandemly repeated units, are present in all plant genomes but can vary in a number of features, including nucleotide composition, abundance, and genome distribution. Therefore, satellite DNAs diverge rapidly and are often species- or genus-specific. Reconstruction of a satellite family species based on the results of next-generation sequencing (NGS) combined with the Repeat Explorer bioinformatics platform and the TAREAN algorithm has contributed to a better understanding of the complex origin of the allotriploid onion Allium × cornutum. The application of fluorescence in situ hybridization (FISH) using fluorescently labeled oligonucleotide probes allows us to answer questions about the structure, mutations, and evolution of not only single chromosomes but entire genomes. In this work, using NGS sequencing data, we identified a repetitive satellite sequence of size 97 bp (AceSat97) and mapped its distribution on the chromosomes of the allotriploid onion A. × cornutum and the three putative diploid parental species Allium cepa, A. pskemense, and A. roylei.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:166:157388
ProjektŠifra: IP-2016-06-8432
Naziv: Genomske i epigenomske promjene u auto- i alopoliploidima na modelu dalmatinskog buhača, ljutike i anemona
Naziv: Genomic and epigenomic changes in auto- and allopolypids: case studies on dalmatian pyrethrum, shallot and anemone
Kratica: AutoAloPol
Voditelj: Višnja Besendorfer
Pravna nadležnost: Hrvatska
Financijer: HRZZ
Linija financiranja: IP
Studijski programNaziv: Biologija i kemija; smjerovi: nastavnički
Smjer: nastavnički
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra edukacije biologije i kemije (mag. educ. biol. et chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup svim korisnicima iz sustava znanosti i visokog obrazovanja RH
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-02-15 10:17:56