prikaz prve stranice dokumenta Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida
No public access
master's thesis
Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida
2019. urn:nbn:hr:166:945123
Kablar, Petar
University of Split
Faculty of Science
Department of Physics

Cite this document

Kablar, P. (2019). Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida (Master's thesis). Split: University of Split, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

Kablar, Petar. "Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida." Master's thesis, University of Split, Faculty of Science, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

Kablar, Petar. "Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida." Master's thesis, University of Split, Faculty of Science, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

Kablar, P. (2019). 'Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida', Master's thesis, University of Split, Faculty of Science, accessed 19 April 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

Kablar P. Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida [Master's thesis]. Split: University of Split, Faculty of Science; 2019 [cited 2024 April 19] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

P. Kablar, "Studija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida", Master's thesis, University of Split, Faculty of Science, Split, 2019. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:945123

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleStudija povezanosti fizikalnih i kemijskih svojstava signalnih peptida s antimikrobnom funkcijom pridruženih zrelih peptida
Title (english)The structure-function study relating physical and chemical properties of signal peptides to the antimicrobial function of associated mature peptides
AuthorPetar Kablar
MentorDavor Juretić (mentor)
Committee memberDavor Juretić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberLarisa Zoranić (član povjerenstva)
Committee memberŽeljka Sanader Maršić (član povjerenstva)
GranterUniversity of Split
Faculty of Science
(Department of Physics)
Split
Defense date and country2019-09-27, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		NATURAL SCIENCES
Physics
Abstract
Signalne sekvence prepoznate su kao visoko očuvani dijelovi prekursora antimikrobnih peptida (AMP). Ovdje smo istražili sadrži li signalna sekvenca informaciju o antimikrobnoj funkciji AMP bogatih cisteinima. U usporedbi s peptidima bogatim cisteinima koji nemaju antimikrobnu aktivnost, defenzini i njima slični peptidi te ostali AMP bogati cisteinima su pretežno povezani sa signalnim sekvencama koje imaju veću srednju hidrofobnost njihovog najhidrofobnijeg dijela. Također pokazuju i jednostavniju raspodjelu aminokiselina u hidrofobnoj regiji, tako da su leucin, izoleucin, valin i fenilalanin zajedno zastupljeni od 70 do 90% na svakoj poziciji te regije. Kada se ta promatranja pretvore u jednostavan prediktor antimikrobne funkcije, njegova točnost je visoka za ljudski proteom iako struktura i homologija poznatih zrelih AMP nije korištena u njegovoj konstrukciji. Povezanost strukture signalne sekvence i funkcije zrelog peptida potvrdili smo također na proteomima drugih sisavaca te školjkaša.
Abstract (english)
Signal sequences have been recognized as highly conserved parts of precursors for antimicrobial peptides (AMPs). We explored here if signal sequences contain information about antimicrobial function of Cys-rich AMPs. In comparison with Cys-rich peptides lacking antimicrobial activity, defensins, defensin-like peptides and other Cys-rich AMPs are predominantly associated with signal sequences having higher mean hydrophobicity of their most hydrophobic part. They also have simpler distribution of amino acids in hydrophobic region, such that Leucine, Isoleucine, Valine and Phenylalanine together fill 70 to 90% of each sequence position in that region. When this observation is converted into simple predictor for antimicrobial function its accuracy is high for human proteome, although it does not use structure and homology of known mature AMPs. We have confirmed the connection between signal sequence structure and function of mature peptide for other mammalian proteomes and for bivalves too.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:166:945123
Study programmeTitle: Physics; specializations in: major in teaching, major in Astrophysics, major in Biophysics, major in Enviromental physics, major in Computational physics
Course: major in Computational physics
Study programme type: university
Study level: graduate
Academic / professional title: magistar/magistra fizike (magistar/magistra fizike)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsClosed access
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2019-11-06 09:40:36